Пернер финишировал третьим в 10-километровом спринте на Олимпийских играх 2002 в американском Солт-Лейк-Сиите. Это была первая медаль для Австрии в биатлоне на олимпиадах. Через четыре года на соревнованиях в Турине Пернер стал четвертым в спринте. Однако тогда во время обыска у него обнаружили запрещенные препараты. Его и других членов сборной Австрии дисквалифицировали.
Читайте также: Неожиданно умер трехкратный олимпийский чемпион по биатлону Хальвард Ханевольд
После этого Пернер признался в использовании допинга. За это его условно дисквалифицировали на 18 месяцев ареста, а также назначили штраф на 23 тысячи евро. Пернер же сразу закончил карьеру.
Умер Пернер 1 октября после продолжительной болезни. Ему было 52 года. У него осталась жена и двое детей.