Мораес стал футболистом "Шахтера" в июле 2018 года, когда со скандалом перешел из киевского "Динамо". В сезоне-2018/19 он провел 39 матчей и забил 26 голов, и вместе с "горняками" стал чемпионом Украины. В сезоне 2019/2020 у него 17 мячей в 24 поединках. Всего за "Шахтер" он сыграл 63 матча, в которых забил 43 гола.
Читайте также: Позорное поражение "Шахтера" и вылет "Динамо" могут оставить Украину без Лиги чемпионов 2021
"Шахтер" – клуб с чемпионской сущностью, поэтому я чувствую особые эмоции. Продление контракта еще на два года, возможность выиграть титулы и вписать свое имя в историю мотивируют меня. Я очень благодарен всем людям, которые являются частью большой семьи клуба – от президента до каждого сотрудника", – заявил после подписания соглашения Мораес.
В марте 2019 году Жуниор Мораес получил украинское гражданство и начал выступления за национальную сборную, где сыграл в пяти матчах.