Мораес став футболістом "Шахтаря" в липні 2018 року, коли зі скандалом перейшов з київського "Динамо". У сезоні-2018/19 він провів 39 матчів та забив 26 голів, і разом з "гірниками" став чемпіоном України. В сезоні 2019/2020 у нього 17 м’ячів у 24 поєдинках. Загалом за "Шахтар" він зіграв 63 матчі, в яких забив 43 голи.
Читайте також: Ганебна поразка "Шахтаря" та виліт "Динамо" можуть залишити Україну без Ліги чемпіонів 2021
"Шахтар" – клуб із чемпіонською сутністю, тому я відчуваю особливі емоції. Продовження контракту ще на два роки, нагода виграти титули й вписати своє ім’я до історії мотивують мене. Я дуже вдячний усім людям, які є частиною великої родини клубу, – від президента до кожного співробітника", – заявив після підписання угоди Мораес.
У березні 2019 року Жуніор Мораес отримав українське громадянство й розпочав виступи за національну збірну, де зіграв у п'яти матчах.