На чолі "Динамо" Михайличенко двічі вигравав чемпіонат України (2003, 2004), Кубок України (2003) та володар Суперкубка України (2004).
Читайте також: Олексій Михайличенко очолив "Динамо"
На тренерському містку Михайличенко змінив Олександра Хацкевича, який втретє поспіль не зміг вивести "Динамо" у Лігу чемпіонів.
Що цікаво, Михайличенко свого часу був звільнений з посади головного тренера "Динамо", оскільки програв у першому матчі 3-го кваліфікаційного раунду плей-офф Ліги чемпіонів "Трабзонспору". З новим тренером Йожефом Сабо кияни здолали турецький клуб.